Telo, ktoré bolo uložené v kaplnke kostola v Tepličke nad Váhom, 1. apríla 2009 dopoludnia polial horľavou látkou a zapálil vtedy 31-ročný muž zo Žiliny. Polícia ho zadržala priamo na mieste činu ako sa pozeral na horiacu truhlu. V blízkej cukrárni si vypýtal kľúče od kostola. Vošiel do kaplnky, kde boli v drevenej truhle uložené takmer 400 rokov staré telesné pozostatky Žofie Bosniakovej. Vytiahol ich pred kostol, polial horľavou látkou a zapálil. Zhoreli do tla.
Policajti začali trestné stíhanie pre prečin hanobenia mŕtveho, v prípade uznania viny hrozil Žilinčanovi trest odňatia slobody od 1 do 5 rokov. Podpaľača však po vyjadrení jeho ošetrujúceho psychiatra a po konzultáciách s prokurátorom prepustili a umiestnili v psychiatrickej liečebni. Muž tvrdil, že Žofiu videl na videu na internete ako bosorku a nemohol pre ňu spávať. Ľubošovi R. nariadil Okresný súd v Žiline ochranné ústavné psychiatrické liečenie. Súdna znalkyňa z odboru psychiatrie sa na verejnom zasadnutí vyjadrila, že trpí paranoidnou schizofréniou. Povedala, že v čase spáchania činu nebol schopný rozpoznať nebezpečenstvo svojho konania pre spoločnosť a nemohol ho ovládať.
Žilinský diecézny biskup Tomáš Galis vyjadril krátko po čine hlboké poľutovanie nad zničením telesných pozostatkov Bosniakovej. Počas 280 rokov, kedy ich vo Farskom kostole sv. Martina v Tepličke nad Váhom vystavovali, sa im až do osudného dňa nič nestalo.
Ostatky uložili do Loretánskej kaplnky
Odborná komisia na uschovanie ostatkov Bosniakovej zasadala 14. apríla 2009 na Biskupskom úrade v Žiline. Na základe jej rozhodnutia ostatky vložili do schránky a uložili späť do Loretánskej kaplnky Farského kostola sv. Martina v Tepličke nad Váhom. Komisiu tvorili zástupcovia z Považského múzea v Žiline, Krajského pamiatkového úradu v Žiline, obecného a farského úradu v Tepličke nad Váhom, Ústavu súdneho Lekárstva a medicínskych expertíz Jesseniovej lekárskej fakulty UK v Martine a zo Žilinskej diecézy.
Zasadnutiu tejto komisie predchádzala porada vedenia Považského múzea v Žiline, na ktorej prijali uznesenie s odporúčaním pochovať ostatky opäť na hrade Strečno, a to v krypte hradnej kaplnky. „Dokázali by sme tam plne garantovať zabezpečenie priestorov, kde by sa ostatky opätovne pochovali. Žiaľ, našu ponuku neakceptovali,“ vyjadril sa vtedy Boris Schubert z Považského múzea. Pripomenul, že dôležitým argumentom za bola aj historická faktografia. Tá dokazovala, že Žofia Bosniaková na hrade žila a v minulosti ju tam aj pochovali.
Doktor František Štuller informoval krátko po čine o expertíze, ktorú vykonali v Ústave súdneho lekárstva. Z artefaktov sa zachovali medailónik zo žltého kovu, ruženec, náramok a zvyšky kovových patentov zo šiat. Kostra sa skladala z vyžíhaných úlomkov kostí.
Biskup Galis pripomenul, že veriaci ľudia z Tepličky nad Váhom majú veľkú zásluhu na rozšírení úcty k Žofii Bosniakovej. V nedeľu 26. apríla 2009 viedol odprosujúcu pobožnosť za čin, ktorý sa stal 1. apríla. Pri príležitosti 400 – tého výročia jej narodenia boli 2. júna 2009 v Tepličke nad Váhom oslavy, pri ktorých vyhlásili v Žilinskej diecéze aj rok Žofie Bosniakovej.